醫用空氣消毒機的工作原理是室內空氣經過進風口預過濾器濾除大顆粒和片狀污染物。高壓靜電場產生電暈放電使空氣電離，粉塵顆粒與負離子碰撞發生荷電效應(帶負電)，在電場力的作用下向集塵板(陽極)運動，到達集塵板后，放出所帶電子并沉積在集塵板上。同時空氣中的細菌在高能正離子流的沖擊和浸潤作用下，細胞膜和細胞壁遭到破壞，細菌死亡。后置采用復合活性炭過濾器去除空氣中的荷電塵埃粒子，吸附異味、臭氧及有毒有害氣體。
醫用空氣消毒機的除菌過程可以簡述為四個步驟：即電暈放電、細菌荷電、飄塵遷移、極板沉積。數據顯示：醫用空氣消毒機對氣霧室細菌殺滅率≥99.90%。
和家用消毒機一樣，使用醫用空氣消毒機時一定要在無人的情況下進行。臭氧濃度低時，對眼，鼻，喉有刺激感覺；濃度達到1-15PPm時，會經常出現頭痛和呼吸器官局部麻痹等癥狀。臭氧毒性還和接觸時間有關，一般接觸20PPm以下濃度不多達2小時，對人體無傷害。如經常出現感覺不舒適度時，可到戶外吹吹風，呼吸一下新鮮空氣。
不過，對于家庭來說，醫院有專人負責機器的運轉，而且也會組織全體醫護人員學習消毒機的正確使用和注意事項，確保臨床工作的有序進行。
而且在口腔治療過程中，醫患的近距離接觸以及在治療過程中不可避免地產生飛沫和氣溶膠，對診室內的空氣進行有效地消毒，也是每個口腔診所的防疫重點工作。
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